E’ noto che la sola analisi delle dichiarazioni MUD sottostimi la produzione reale, poiché non tutti i produttori sono tenuti a presentare la dichiarazione; risulta quindi necessario, soprattutto a livello nazionale, ricorrere a delle stime. I settori quantitativamente più rilevanti sotto questo profilo sono quello delle costruzione e demolizioni che genera rifiuti appartenenti al capitolo EER 17 (acronimo per Elenco Europeo dei Rifiuti) e quelli prodotti da impianti di trattamento dei rifiuti e delle acque.

Il dato relativo alla produzione dei rifiuti speciali è disponibile sulla base delle informazioni estratte dalle dichiarazioni MUD; tuttavia, si assiste a una riduzione del tasso di copertura dell'informazione a causa dell’esenzione di alcune categorie di produttori, in particolare per i rifiuti non pericolosi. Il comma 3 dell'art. 189 del D.Lgs. n. 152/2006 ha, infatti, inizialmente esonerato tutti i produttori di rifiuti non pericolosi dall'obbligo di dichiarazione con un impatto significativo sulle dichiarazioni riferite ai dati 2006. Successivamente, fatta eccezione per i settori totalmente esentati, l'obbligo di dichiarazione è stato parzialmente reintrodotto con il D.Lgs. n. 4/2008, limitatamente alle imprese produttrici di rifiuti non pericolosi con più di 10 dipendenti.

Per i settori esentati dall'obbligo di dichiarazione e per le piccole imprese la copertura della informazione è inferiore al 10%. Per compensare tale lacuna informativa, a livello nazionale ISPRA integra i dati mediante procedure di stima basate su studi di settore, correlazioni con il numero di addetti e dati provenienti dai gestori dei rifiuti. Arpa Piemonte non effettua tali stime se non per i rifiuti inerti derivanti da costruzione e demolizione. 
Le differenze nelle stime della produzione di rifiuti speciali tra diversi soggetti evidenziano come i risultati delle analisi dei flussi di rifiuti siano fortemente influenzati dai criteri di aggregazione e dalle metodologie di adottati.